മധുസൂദനൻ നായരുടേയും സുകുമാരിയുടേയും മകനായി 1971 ഏപ്രിൽ 5 നു ജനനം. ഇലക്ട്രിക്കൽ എഞ്ചിനീയറായിരുന്ന അദ്ദേഹത്തിന്റെ അച്ഛൻ മധുസൂദനൻ നായർ നല്ലൊരു ഗായകനും സംഗീതാസ്വാദകനുമായിരുന്നു. സംഗീത പാരമ്പര്യമുള്ള കുടുംബത്തിലാണ് ജനനമെന്നുള്ളതു കൊണ്ട് തന്നെ നന്നേ ചെറുപ്പത്തിൽ തന്നെ അദ്ദേഹം സംഗീതത്തോട് ആഭിമുഖ്യം പ്രകടിപ്പിച്ചിരുന്നു. അഞ്ചാം വയസ്സു മുതൽ സംഗീതം അഭ്യസിച്ചു തുടങ്ങി. മുല്ലമൂട് ഭാഗവതർ ഹരിഹര അയ്യർ ആയിരുന്നു ആദ്യ ഗുരു. പിന്നീട് പെരുമ്പാവൂർ ജി രവീന്ദ്രനാഥിന്റെ ശിഷ്യനായി. അതിനു ശേഷമാണ് ബന്ധു കൂടിയായ നെയ്യാറ്റിൻകര എം കെ മോഹനചന്ദ്രനെ ഗുരുവായി സ്വീകരിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ കീഴിൽ 19 വർഷം ശാസ്ത്രീയ സംഗീതം അഭ്യസിച്ചു. അവിചാരിതമായി സണ്ണി വൽസലത്തെ പരിചയപ്പെടുകയും ആ പരിചയം അദ്ദേഹത്തിന്റെ കീഴിൽ പാശ്ചാത്യ സംഗീതം അഭ്യസിക്കുന്നതിൽ കലാശിക്കുകയും ചെയ്തു. ആ കാലത്ത് തന്നെ വിൽസണ് സിംഗിന്റെ കീഴിൽ നിന്നും ഓർഗൻ അഭ്യസിച്ചു. സ്കൂളിൽ പഠിച്ചിരുന്ന സമയം കലോത്സവങ്ങളിൽ ശാസ്ത്രീയ സംഗീത, ലളിത സംഗീത മത്സരങ്ങൾക്ക് അദ്ദേഹം സ്ഥിരമായി പങ്കെടുത്തിരുന്നു. കോളേജിലും കലാരംഗത്ത് സജീവമായിരുന്ന അദ്ദേഹം കേരളാ സർവ്വകലാശാലയിലെ മികച്ച ശാസ്ത്രീയ സംഗീത ഗായകനായി 1987 മുതൽ 1990 വരെ തുടർച്ചയായി നാല് തവണ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. പ്രീഡിഗ്രിക്കു പഠിക്കുന്ന സമയത്ത് സർവകലാശാല ക്വയറുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് എം ബി ശ്രീനിവാസനുമായി സഹകരിച്ചു പ്രവർത്തിച്ചു. അദ്ദേഹവുമായുള്ള അടുപ്പം ജയചന്ദ്രനെ സംഗീത സംവിധാനത്തിലേക്ക് കൂടുതൽ അടുപ്പിച്ചു. തിരുവനന്തപുരം എഞ്ചിനീയറിംഗ് കോളേജിൽ എഞ്ചിനീയറിങ്ങ് പഠനം ആരംഭിച്ച ശേഷവും അദ്ദേഹം സംഗീതാഭ്യസനം തുടർന്നു.
ഗുരുനാഥനായ പെരുമ്പാവൂർ ജി രവീന്ദ്രനാഥ് വഴി ആകാശവാണിയിൽ നിരവധി ഗാനങ്ങൾ പാടുവാനുള്ള അവസരം അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചു. പിൽക്കാലത്ത് ദൂരദർശനിൽ നിരവധി ലളിതഗാനങ്ങൾ സംഗീതം ചെയ്യുവാനും അദ്ദേഹത്തിനു കഴിഞ്ഞു. 1992 ൽ ഇറങ്ങിയ വസുധ എന്ന ചിത്രത്തിൽ പാടുവാനുള്ള അവസരം ജയചന്ദ്രനെ തേടി എത്തി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അമ്മാവന്റെ സുഹൃത്തായിരുന്നു ആ ചിത്രം നിർമ്മിച്ചത്. പെരുമ്പാവൂർ സാറിന്റെ സംഗീതത്തിൽ താഴമ്പൂ കുടിലിന്റെ എന്ന് തുടങ്ങുന്ന ഗാനം ചിത്രയ്ക്കൊപ്പമാണ് അന്ന് ആലപിച്ചത്. പിന്നീട് അഥർവ്വം എന്ന ചിത്രത്തിന്റെ തെലുങ്ക് പതിപ്പിൽ പൂവായ് വിരിഞ്ഞൂ എന്ന ഗാനത്തിന്റെ തെലുങ്ക് വെർഷൻ ആലപിച്ചു. ആ സമയത്ത് ചിത്രയുടെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള ഓഡിയോട്രാക്സ് എന്ന സ്റ്റുഡിയോയിൽ ധാരാളം ലളിതഗാനങ്ങൾക്കും ആൽബങ്ങൾക്കും ജയചന്ദ്രൻ സംഗീതം നൽകുകയും ഓർക്കസ്ട്രേഷൻ ചെയ്യുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
ചെറുപ്പകാലത്തു തന്നെ ദേവരാജൻ മാഷിനെ ഇഷ്ടപ്പെട്ടിരുന്ന ജയചന്ദ്രൻ, തന്റെ സുഹൃത്തായ ആരിഫ് വഴിയാണ് അദ്ദേഹത്തെ കാണുവാൻ ചെന്നത്. ആദ്യം അദ്ദേഹത്തെ കാണുവാൻ കൂട്ടാക്കാതിരുന്ന മാഷ്, കുറച്ചു ദിവസങ്ങൾക്കു ശേഷം കാണുവാൻ അനുവാദം നൽകി. അന്ന് ജയചന്ദ്രൻ ആലപിച്ച ദീക്ഷിതർ കൃതി മാഷിനു ഇഷ്ടപ്പെടുകയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ സഹായിയായി കൂട്ടുകയും ചെയ്തു. എന്റെ പൊന്നു തമ്പുരാൻ എന്ന ചിത്രത്തിലായിരുന്നു അദ്ദേഹം മാഷിന്റൊപ്പം ആദ്യം സഹായിയായി മാറിയത്. പെരുമ്പാവൂർ ജി രവീന്ദ്രനാഥ് സംഗീതം പകർന്ന അക്ഷരം എന്ന ചിത്രത്തിലെ ഗാനങ്ങൾക്ക് പശ്ചാത്തല സംഗീതമോരുക്കിയത് എം ജയചന്ദ്രനായിരുന്നു. അതിന്റെ റെക്കോർഡിംഗ് വേളയിൽ പ്രസാദ് 70 എം എം സ്റ്റുഡിയോയിൽ വച്ചാണ് അദ്ദേഹം ഗിരീഷ് പുത്തഞ്ചേരിയെ പരിചയപ്പെടുന്നത്. ആ സൗഹൃദം പിന്നീട് ജയചന്ദ്രനെ ഒരു സ്വതന്ത്ര സംഗീത സംവിധായകനാക്കി. യാദൃശ്ചികമായി അവിടെ എത്തിയ സംവിധായകൻ സുനിലിനോട് പുത്തഞ്ചേരി അടുത്ത ചിത്രത്തിന്റെ സംഗീത സംവിധാനത്തിനായി ജയചന്ദ്രന്റെ പേര് നിർദ്ദേശിക്കയായിരുന്നു. അങ്ങനെ ബാബു ആന്റണി നായകനായ ചന്ത എന്ന ചിത്രത്തിന്റെ സംഗീത സംവിധായകനായി അദ്ദേഹം മലയാള സിനിമയിൽ അരങ്ങേറ്റം കുറിച്ചു. ചന്തയിലെ ഗാനങ്ങൾ ശ്രദ്ധിക്കപ്പെട്ടതോടെ അടുത്തു തന്നെ ഷാജൂണ് കാര്യാലിന്റെ രജപുത്രൻ എന്ന ചിത്രത്തിനു വേണ്ടി സംഗീതം നൽകുവാൻ അദ്ദേഹത്തിനു അവസരം ലഭിച്ചു. പക്ഷേ പിന്നീട് ഒരു നീണ്ട കാലഘട്ടത്തിലേക്ക് അവസരങ്ങൾ ഒന്നും തന്നെ ലഭിച്ചില്ല. 2001 ൽ പുണ്യം എന്ന ചിത്രത്തിലൂടെ അദ്ദേഹം വീണ്ടും സിനിമയിലേക്ക് മടങ്ങിയെത്തി. 2002 ൽ പുറത്തിറങ്ങിയ അനിൽ ബാബു സംവിധാനം ചെയ്ത വാൽക്കണ്ണാടിയിലെ ഗാനങ്ങൾ എം ജയചന്ദ്രന്റെ കരിയറിലെ വഴിത്തിരിവായി. യേശുദാസും സുജാതയും ചേർന്നാലപിച്ച മണിക്കുയിലെ എന്ന ഗാനം ഹിറ്റാകുകയും, അമ്മേ അമ്മേ എന്ന ഗാനം ആലപിച്ച മധു ബാലകൃഷ്ണന് ആ വർഷത്തെ മികച്ച ഗായകനുള്ള സംസ്ഥാന ചലച്ചിത്ര അവാർഡ് ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു.
2003 ൽ ഇറങ്ങിയ ബാലേട്ടൻ സൂപ്പർ ഹിറ്റാകുകയും അതിലെ ഗാനങ്ങൾ സൂപ്പർ ഹിറ്റാകുകയും ചെയ്തതോടെ മലയാളത്തിലെ തിരക്കേറിയ സംഗീത സംവിധായകനായി എം ജയചന്ദ്രൻ മാറി. ആ വർഷമിറങ്ങിയ ഗൗരീശങ്കരമെന്ന ചിത്രത്തിലെ കണ്ണിൽ മിന്നും എന്ന ഗാനത്തിലൂടെ മികച്ച സംഗീത സംവിധായകനുള്ള ആദ്യ സംസ്ഥാന ചലച്ചിത്ര പുരസ്കാരം അദ്ദേഹത്തെ തേടി എത്തി. 2004 ൽ പെരുമഴക്കാലത്തിലേയും കഥവശേഷനിലേയും ഗാനങ്ങളിലൂടെ അടുത്ത വർഷവും സംസ്ഥാന ചലച്ചിത്ര പുരസ്കാരം അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചു. 2005 ൽ വീണ്ടും അദ്ദേഹത്തെ സംസ്ഥാന ചലച്ചിത്ര പുരസ്കാരം തേടിയെത്തി, പക്ഷേ അത്തവണ അത് മികച്ച ഗായകനുള്ള പുരസ്കാരമായിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ തന്നെ സംഗീത സംവിധാനത്തിൽ നോട്ടം എന്ന ചിത്രത്തിലെ മെല്ലെ എന്ന് തുടങ്ങുന്ന ഗാനമാണ് പുരസ്കാരാർഹമായത്. നിവേദ്യത്തിലൂടെ 2007 ൽ, മാടമ്പിയിലൂടെ 2008 ൽ, കരയിലെക്കൊരു കടൽ ദൂരത്തിലൂടെ 2010 ൽ, സെല്ലുലോയിഡിലൂടെ 2012 ൽ വീണ്ടും അദ്ദേഹത്തിനു മികച്ച സംഗീത സംവിധായകനുള്ള സംസ്ഥാന ചലച്ചിത്ര പുരസ്കാരം ലഭിച്ചു. 2012 ൽ സ്വരലയ യേശുദാസ് അവാർഡ് അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചു. അദ്ദേഹം നിരവധി റിയാലിറ്റി ഷോകളിലെ വിധികർത്താവായിരുന്നു.
ഭാര്യ പ്രിയ, മക്കൾ നന്ദഗോപാൽ, കാർത്തിക് ഗോപാൽ. സഹോദരൻ പ്രകാശ് ചന്ദ്രൻ മികച്ച ഒരു മൃദംഗവാദകനും സംഗീതാസ്വാദകനുമാണ്.